機柜前部的氣簾易碎，并且很容易被與之平行的人員打開，通過打開的窗戶，送風裝置或實驗室設備（例如真空泵，離心機）產生空氣流動。生物安全柜應按照加拿大標準協會（CSA）生物安全柜（I類和II類）：安裝和現場測試中列出的要求進行安裝。它們應遠離高流量區域，門和供氣/排氣格柵，可能會中斷氣流模式。機柜頂部的排氣口與頂部障礙物之間應**少保持40 cm的暢通無阻距離。在可能的情況下，應在機柜的每一側提供30厘米的間隙以便維修。對于管道式機柜，排氣系統上的鼓風機應位于管道系統的末端; 排氣流失敗應向用戶發出警報。為防止機柜受壓，應安裝聯鎖系統，以防止機柜鼓風機在排氣流量不足時工作; 可能需要防回流裝置來防止反向氣流通過HEPA過濾器。

生物安全柜的連續操作有助于控制實驗室中的灰塵水平和其他空氣中的微粒。如果生物安全柜僅在需要時才運行以節約能源，則必須考慮實驗室空氣的平衡。在某些情況下，室內排氣是平衡的，包括通過管道生物安全柜排出的空氣，并且這些機柜不得關閉。

不建議向生物安全柜提供天然氣。生物安全柜中的明火會產生湍流，破壞氣流模式并可能損壞HEPA過濾器。如果不可能使用合適的替代品（例如一次性無菌環，微型焚化爐），可以使用具有指示燈以根據需要提供火焰的觸板微燃燒器。